Die Forschungsausstattung des Max-Planck-Institutes für Marine Mikrobiologie in Bremen beinhaltet eine Reihe von Instrumenten, Technologien und Informationsdatenbanken mit denen die Wissenschaftler Proben analysieren und Experimente durchführen können. Nachstehend finden sich kurze Beschreibungen einiger der modernsten Forschungsausstattungen.
Die Forschung mit dem NanoSIMS verbindet erstmalig die Möglichkeit einzelne Zellen aus natürlichen, mikrobiellen Lebensgemeinschaften phylogenetisch zu identifizieren, und gleichzeitig Erkenntnisse über die jeweilige metabolische Funktion zu gewinnen.
| Leiter | Link | |
| Dr. Rachel Foster | rfoster |

Die Abteilung Biogeochemie untersucht mit einer Vielzahl von chemischen, isotopen-basierten und mikrobiologischen Methoden chemische und biologische Prozesse.
| Leiter | Link | |
| Dr. Tim Ferdelman | tferdelm |
Das SILVA rRNA Projekt ist eine umfangreiche, für den akademischen Gebrauch freie, online Datenbank für qualitätsgeprüfte ribosomale RNA Sequenz Daten und deren „Alignment“ zueinander. Die SILVA Datenbank wird von der Arbeitsgruppe Mikrobielle Genomik unterhalten. Es besteht eine Kooperation mit der Instituts-Ausgründung Ribocon GmbH und der Abteilung Mikrobiologie der Technischen Universität München.
| Leiter | Link | |
| Prof. Dr. Frank Oliver Glöckner | contact |

Megx.net erlaubt den Zugang zu integrierten Umwelt- und (Meta)genomischen Daten zur Nutzung in der marinen mikrobiellen Ökologie.
| Leiter | Link | |
| Prof. Dr. Frank Oliver Glöckner | megx |

Die Entwicklung moderner Instrumente für in-situ Untersuchungen von Unterwassersystemen reicht von Küstenstränden über Riffe, Kontinentalhänge, Arktische Gewässer bis zu Hydrothermalquellen. Transportmechanismen und biochemische Reaktionen besonderer Habitate können so quantifiziert werden.
| Leiter | Link | |
| Prof. Dr. Antje Boetius | aboetius | |
| Dr. Frank Wenzhöfer | fwenzhoe |
