Seitenpfad:

Bio-Datenbank SILVA: Ausgezeichnet und systemrelevant

05.07.2018

So bedeutend, dass sie für Europa nicht wegzudenken ist: Die biowissenschaftliche Datenbank des gemeinsam vom Max-Planck-Institut für Marine Mikrobiologie und der Jacobs University betriebenen SILVA-Projektes wurde kürzlich zur EXLIXIR „Core Data Resource“ ernannt. Damit zählt sie zu den wenigen systemrelevanten wissenschaftlichen Datenbanken in Europa.

 

Gegründet wurde das SILVA-Projekt 2007 von dem Bioinformatiker Frank Oliver Glöckner, Leiter der Forschungsgruppe Mikrobielle Genomik und Bioinformatik am Max-Planck-Institut für Marine Mikrobiologie. Die Datenbank bietet hochqualitative ribosomale-RNA-Datensätze für Forschung und Industrie. rRNA- Gene sind am Aufbau von Enzymen im Körper aller Lebewesen beteiligt. Ihre Zusammensetzung ist wie ein persönlicher Barcode für jeden einzelnen Organismus. SILVA hält sieben Millionen solcher Sequenzen bereit, die frei zugänglich sind. Anwendung finden sie zum Beispiel in der Biodiversitätsforschung im Meer, auf dem Land und in der Luft, die Qualitätskontrolle in der Industrie, sowie die medizinische Diagnostik. Jeden Tag greifen mehr als 3000 Besucher aus 200 Ländern auf die Website zu.

Prof. Dr. Frank-Oliver Glöckner
Professor Dr. Frank Oliver Glöckner, Leiter der Forschungsgruppe Mikrobielle Genomik und Bioinformatik am Max-Planck-Institut für Marine Mikrobiologie (MPIMM)

Großer Wert wird darauf gelegt, dass jeder SILVA-Eintrag die neueste Information über die systematische Erfassung der Lebewesen und damit ihre jeweilige Abstammung enthält. Besonders ist auch, dass SILVA auch Sequenzen von Organismen bereithält, die bisher nicht offiziell beschrieben wurden. In der Datenbank haben diese einen „Arbeitsnamen“.

Die hohe Qualität der Daten und des Service hat auch ELIXIR überzeugt, eine zwischenstaatliche Plattform, die Europas führende Organisationen aus den Lebenswissenschaften bei der Verwaltung und dem langfristigen Erhalt von Daten aus öffentlich finanzierte Forschung vereint. ELIXIR hat mit SILVA nunmehr 18 Datenbanken als systemrelevant anerkannt und schreibt ihnen damit eine fundamentale Rolle in der Sicherung von Biodaten zu. Damit steht SILVA nun auf einer Stufe mit zum Beispiel dem Atlas aller Proteine des Menschen.

„Diese Auszeichnung bestätigt nicht nur unsere bereits geleistete Arbeit. Sie ist auch eine starke Motivation, die Qualität und Nutzerfreundlichkeit unserer Datensätze und Taxonomie noch weiter zu steigern“, sagt Frank Oliver Glöckner, der das SILVA-Projekt leitet. Dieses war bisher auf zeitlich befristete Projektmittel angewiesen. „Mit der Anerkennung von SILVA als eine zentrale europäische Ressource erhoffen wir uns die finanzielle Nachhaltigkeit auf deutscher und europäischer Ebene, die den Betrieb auf Dauer sichert.

Ein wichtiger Schritt in diese Richtung war 2015 die Aufnahme von SILVA in das Deutsche Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur (de.NBI). Unter diesem Dach arbeiten acht Service-Zentren mit insgesamt 40 Partnern, die gemeinsam ein hochqualitatives Bioinformatik Serviceangebot zur Verfügung stellen. de.NBI ist seit 2016 der deutsche Knoten der Europäischen Bioinformatik Infrastruktur ELIXIR. „Der Grundstein ist also gelegt, jetzt muss durch neue kreative Förderstrukturen das dazu passende Haus gebaut werden“, so Glöckner.

 

 

Website des SILVA-Projekts:

www.arb-silva.de

 

  

Kontaktdaten Pressestelle

Arbeitsgruppenleiter

Forschungsgruppe Mikrobielle Genomik und Bioinformatik

Prof. Dr. Frank Oliver Glöckner

MPI für Marine Mikrobiologie
Celsiusstr. 1
D-28359 Bremen

Raum: 

1345

Telefon: 

+49 421 2028-970

Prof. Dr. Frank Oliver Glöckner
Back to Top