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Abteilung Molekulare Ökologie

 

Direktor

Abteilung Molekulare Ökologie

Prof. Dr. Rudolf Amann

MPI für Marine Mikrobiologie
Celsiusstr. 1
D-28359 Bremen

Raum: 

2221

Telefon: 

+49 421 2028-930

Prof. Dr. Rudolf Amann

Assistentin der 
Abteilungen Molekulare Ökologie
und Symbiose

 

Gleichstellungsbeauftragte

Abteilung Molekulare Ökologie

Susanne Krüger

MPI für Marine Mikrobiologie
Celsiusstr. 1
D-28359 Bremen

Raum: 

2102

Telefon: 

+49 421 2028-900

Susanne Krüger

Die Ab­tei­lung Mo­le­ku­la­re Öko­lo­gie erforscht un­ter Lei­tung von Rudolf Amann die Vielfalt, Zu­sam­men­set­zung und Funk­ti­on von Mikroben­ge­mein­schaf­ten in den Meeren. Wir sind fas­zi­niert davon, wie Einzeller die großen biogeochemischen Stoffkreisläufe von Elementen, wie Kohlenstoff, Stickstoff und Schwefel, katalysieren. Diese untersuchen wir so­wohl im fla­chen Wat­ten­meer als auch im of­fe­nen Oze­an - von der lichtdurchfluteten Ober­flä­che bis zu den hei­ßen und kal­ten Quel­len der Tief­see.

Mo­le­ku­la­re Öko­lo­gie Kern­grup­pe

Lan­ge be­vor Pflan­zen und Tie­re sich ent­wi­ckelt hat­ten, präg­ten ein­zel­li­ge Mi­kro­or­ga­nis­men das Ge­sicht un­se­rer Erde und blie­ben seit­dem es­sen­ti­ell wich­tig für die Be­wohn­bar­keit un­se­res blau­en Pla­ne­ten. Nu­kle­in­säu­re-ba­sier­te Tech­ni­ken öff­nen heute das Tor zur Ent­de­ckung der vol­len Di­ver­si­tät ma­ri­ner Mi­kro­or­ga­nis­men. Mit Me­tho­den der Kul­ti­vie­rung wurden bisher ei­ni­ge tau­send Arten von Bacteria und Archaea be­schrie­ben, jedoch finden wir die mo­le­ku­la­ren Fin­ger­ab­drücke von Mil­lio­nen von Mi­kro­or­ga­nis­men in der Umwelt. Obwohl die Hoch­durch­satz-Se­quen­zie­rung schnell viele Informationen zum Ar­ten­reich­tum und zur Ar­ten­ver­tei­lung liefert, bleibt die Quan­ti­fi­zie­rung ein­zel­ner Spe­zi­es in der Um­welt eine Her­aus­for­de­rung. Wir ver­wen­den die Fluo­res­zenz-in-situ-Hy­bri­di­sie­rung für die mi­kro­sko­pi­sche Iden­ti­fi­zie­rung von ein­zel­nen Zel­len und ih­re Lo­ka­li­sie­rung in der Um­welt. Ver­glei­chen­de Ge­nom­ana­ly­sen und das Ver­fol­gen der Aufnahme von Sub­straten er­lauben uns die phy­sio­lo­gi­sche Rol­le und das bio­che­mi­sche Po­ten­ti­al von nicht-kul­ti­vier­ten Bacteria und Archaea ab­zu­lei­ten. Un­ser Ziel ist es, über die quan­ti­ta­ti­ve Be­schrei­bung von mi­kro­bi­el­len Ge­mein­schaf­ten hinaus zu ge­hen. Wir tref­fen Vor­aus­sa­gen über die ökologische Ni­sche ma­ri­ner Mi­kro­or­ga­nis­men und tes­ten die­se Hy­po­the­sen in der Um­welt, in­dem wir ta­xo­no­mi­schen Grup­pen Funk­tio­nen im jeweiligen Habitat zu­ordnen.

Mi­kro­bi­el­le Ge­no­mik und Bio­in­for­ma­tik

Die Mi­kro­bi­el­le Ge­nom­for­schungs- und Bio­in­for­ma­tik Grup­pe ist im Be­reich der Um­welt­ge­no­mik tä­tig und er­forscht das ge­ne­ti­sche Po­ten­zi­al von ma­ri­nen Mi­kro­or­ga­nis­men, um de­ren Funk­tio­nen und An­pas­sungs­fä­hig­kei­ten bes­ser ver­ste­hen zu ler­nen.

Durchflusszytometrie

Die Durchflusszytometrie stellt eine wichtige Ergänzung der molekularbiologischen Methoden zur Erforschung von Mikroorganismen dar. Die Fähigkeit der schnellen Analyse von Tausenden von Zellen pro Sekunde und die parallele Messung von multiplen Parametern macht die Durchflusszytometrie zu einem Standardwerkzeug in der Planktonforschung. Zusätzlich ermöglicht die durchflusszytometrische Zellsortierung die physikalische Trennung und Anreicherung von wohldefinierten Zellpopulationen ohne vorhergehende Kultivierung.

In unserer Arbeitsgruppe verbessern wir kontinuierlich unsere Methoden und kombinieren sie mit neuen molekularbiologischen Ansätzen, um tiefere Einblicke in die ökologische Rolle von Mikroorganismen in diversen marinen Habitaten zu gewinnen.

 

Aktuell

"Wir gratulieren Burak Avci zur erfolgreichen Verteidigung seiner Doktorarbeit" [24.09.18]

PhD defense
© B. Avci / MPI MM

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Kappelmann, L., et al., (2019). Polysaccharide utilization loci of North Sea Flavobacteriia as basis for using SusC/D-protein expression for predic...

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Pro­bandt, D., et al., (2018). Mi­cro­bi­al life on a sand grain: from bulk se­di­ment to sin­gle grains. ISME J. 12:623-33.

 

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Meier, D.V., et al., (2017). Niche par­ti­tion­ing of di­verse sul­fur-ox­id­iz­ing bac­teria at hy­dro­thermal vents. ISME J. 11: 1545-1558.

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Reintjes, G., et al., (2017). An al­ter­na­ti­ve po­ly­sac­cha­ri­de uptake me­cha­nism in ma­ri­ne bac­te­ria. ISME J. 11: 1640-1650.

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Aktualisiert am 16. Januar 2019

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